Il monastero fu fondato da monaci agostiniani, trasferiti a Seckau dalla già esistente comunità di Sankt Marein bei Knittelfeld, nel 1142. Il monastero cadde in rovina e fu abbandonato nel 1782.
Nel 1883 il monastero fu ricostruito dai Benedettini della arciabbazia di Beuron che dovettero abbandonare la Germania a seguito della Kulturkampf. Nel 1940 i monaci furono arrestati e gli edifici confiscati dalla Gestapo. Solo nel 1945 tornarono i monaci. L' abbazia gestisce e mantiene una scuola secondaria ("Gymnasium") ed una parrocchia. È parte della Congregazione di Beuron facente parte a sua volta della più ampia Congregazione benedettina.
La chiesa abbaziale, una basilica romanica, è stata edificata tra il 1143 e il 1164. Per secoli è stata il luogo di sepoltura degli Asburgo dell'Austria Interiore. Nel 1930 fu dichiarata una basilica minore.
L' immagine dell'abbazia di Seckau e stata scelta nel 2008 per essere rappresentata sulla moneta da un euro da collezione austriaco.