Apollonia in Illiria (la moderna Albania), conosciuta come Apollonia (Aπολλωνία κατ' Επίδαμνον or Απολλωνία προς Επιδάμνω), era posizionata sulla riva destra del fiume Aous, le cui rovine sono posizionate nei pressi del villaggio di Pojan (Pojani).
Fu fondata nel 588 a.C. dai coloni Greci di Kerkyra (odierna Corfù) e Corinto, fu probabilmente la più importante città, tra quelle conosciute con il nome di Apollonia (Απολλωνία). Il luogo era già usato dai commercianti di Corinto e dai Taulanti, una tribù dell'Illiria, che rimase coinvolta con questo insediamento per secoli a stretto contatto con la civiltà greca. Il nome originale della città sembra che fosse Gylaceia dal suo fondatore, un certo Glyax, ma il nome fu poi modificato in onore del dio Apollo.
Aristotele considerò Apollonia come un importante esempio di oligarchia, poiché i discendenti dei coloni greci controllavano la città, e la numerosa popolazione per la maggior parte di origine Illirica.
La città divenne ricca grazie al commercio degli schiavi e sull'agricoltura, come pure il suo porto che si dice poteva contenere fino a 100 navi. Apollonia, come Dyrrachium poco più a nord, era un importante porto illirico, il più vicino alla costa italica ed a Brundusium, peraltro punto di partenza della Via Egnatia che conduceva fino a Thessaloniki e Byzantium in Tracia. Aveva la sua propria zecca, che coniava monete trovate lontano, fino al fiume Danubio.
La città era inclusa nei domini di Pirro, re dell'Epiro. Nel 229 a.C. fu posta sotto il controllo della Repubblica romana. Fu occupata nel 168 a.C. dal re degli Illiri Genzio, sconfitto poco dopo dai Romani insieme all'alleato macedone Perseo, re di Macedonia. Nel 148 a.C. Apollonia divenne parte della provincia romana di Macedonia, più tardi incorporata nella provincia romana dell'Epiro. Durante la guerra civile tra Pompeo Magno e Cesare aiutò il secondo, ma si consegnò a Marco Giunio Bruto nel 48 a.C.. Il primo imperatore romano Augusto compì alcuni studi in Apollonia nel 44 a.C. con il maestro Atenodoro di Tarso, e qui ricevette la notizia che il patrigno, Cesare, era stato assassinato. Apollonia fiorì sotto l'impero romano come ci racconta lo stesso Marco Tullio Cicerone nelle sue Filippiche, definita magna urbs et gravis, vale a dire grande ed importante città.
Il suo declino cominciò nel III secolo, quando un terremoto cambiò il corso del fiume Vjosa, causando al porto problemi di navigabilità e nelle zone circostanti casi di malaria. Il Cristianesimo cominciò ad essere presente nella città fin dai primordi, e l'arcivescovo di Apollonia fu presente al Concilio di Efeso del 431 ed a quello di Calcedonia del 451. Comunque la città cominciò a svuotarsi in questo periodo per il continuo e progressivo sviluppo della vicina città di Vlora, divenuta ora più importante.
Con la fine dell'antichità la città ridusse sempre più la sua popolazione, ospitando una piccola comunità di Cristiani che nel XIII secolo costruì sopra la collina, che faceva parte probabilmente della vecchia città, un monastero, una Chiesa dedicata a Maria, la madre di Gesù.
La città fu "riscoperta" con il movimento del Neoclassicismo europeo del XVIII secolo, benché non fu indagata da archeologi austriaci prima dell'occupazione del 1916-1918. I primi scavi furono seguiti da un'equipe francese negli anni 1924-1938 e parte del sito fu danneggiato durante la Seconda Guerra Mondiale. Dopo la guerra nuovi scavi furono condotti da esperti albanesi a partire dal 1948, benché molto del sito archeologico non sia stato ancora scavato ai giorni nostri. Molti degli oggetti trovati sono stati trasportati nel museo della capitale, Tirana. Durante il periodo di anarchia che seguì la fine della dittatura in Albania nel 1990, molti dei beni archeologici, manufatti e rovine, furono trafugati per essere venduti a ricchi mercanti e collezionisti occidentali all'estero.
